尿道下裂症状主要是排尿时尿线不能从正常位置排出，主要原因是因为尿道口位于正常尿道口与会阴部之间，多数合并有阴茎下弯，凭此体检外观特点就可以确定诊断，有些包皮过长的尿道口不可见，需要翻开龟头能够明确尿道口的位置。严重的尿道下裂合并双侧或单侧不可触及隐睾。合并有外阴性别不明时，需要进行染色体及内分泌检查，以排除两性畸形。
患者主要表现为尿道口位置异常、尿流异常，常伴有阴茎向下弯曲，重者出现包皮分布异常等，可能会伴发腹股沟斜疝、睾丸鞘膜积液以及睾丸下降不全等畸形。
尿道口位置异常
除阴茎顶端外，尿道异位开口可出现在阴茎到阴囊连线的任何位置，常导致尿流异常，患者站立排尿会尿湿裤子，不得不蹲下排尿。
阴茎向下弯曲
常伴有阴茎向下弯曲，重度弯曲者可大于35度，出现性交困难。
包皮分布异常
重者阴茎下方没有包皮，阴茎上方包皮呈帽状堆积。